bioFox Firefox Toolbar

Post by **Ethel** » Tue Oct 18, 2005 12:33 pm

I found this and it's interesting!

Code bioFOX aims at implementing various bioinformatics tools as an extension on Firefox. Analysis of your favorite gene(s) usually require(s) retrieving it from a database like NCBI or Swiss-Prot and then performing one or more tasks including translation, blast search, property analysis like codon usage, molecular weight calculation etc. bioFOX is available as a sidebar only for Firefox and can be activated by pressing Ctrl-shift-F after installation.

http://biofox.mozdev.org/installation.html
http://schematron.unl.edu/biofox/features.html

Post by **HdkiLLeR** » Tue Oct 18, 2005 3:02 pm

For debian/{k}ubuntu users try apt-get install mozilla-biofox

lumenintervalum · Post by **lumenintervalum** » Wed Oct 19, 2005 1:15 am

υπάρχει και τέτοιο πράγμα?!? εντυπωσιακό και χρήσιμο -για σας τουλάχιστον!!

tsilochr · Post by **tsilochr** » Wed Oct 19, 2005 9:52 am

ethel, δώσε μας και ένα quickstart για την χρήση του

Post by **Ethel** » Fri Oct 21, 2005 9:32 am

χιχι.... δεν ξέρω πολλά ακόμα!
ψάχνοντας βρήκα πως αν ανοίξεις ένα workspace και γράψεις μέσα μια ακολουθία DNA (πχ. ATGGGCTAAAACGTCG) τότε μπορείς στο μενού Nucleotide να τη μεταφράσεις (δήlαδή να βρεις πρωτείνες που παράγονται από αυτή), να βρεις την συμπληρωματική της και την ανάποδη(δηλaδή απ΄το τέλος στην αρχή). Επίσης στο τελευταίο το Codon usage μπορείς να δεις σε τι ποσοστό περιέχονται μέσα στην ακολουθία σου τα κωδικόνια ή τριπλέτες (δηλ. τα UUA, AAT, CGA κλπ) και ποιά είναι αυτά.
Τα παρακάτω δεν είχα χρόνο να τα κοιτάξω και είμαι άσχετη ακόμα!