για java είναι πανεύκολο.
σε γενικές γραμμές (είτε με netbeans είτε με eclipse), διαλέγεις γραμμή του κώδικα σου, δεξί κλικ, add breakpoint. Debug->start και θα σταματήσει εκεί. Μετά θα εκτελείται ο κώδικας γραμμή γραμμή.
Sorry, δεν προλαβαίνω να είμαι πιο αναλυτικός
